Trước chặng đua này, giới truyền thông cho biết Mark Cavendish (Quick-Step Alpha Vinyl) đã bị trừ 9 điểm và phạt 300 franc Thuỵ Sĩ vì 3 lần bám xe ôtô ở chặng thứ 5. Ở chặng 5, Mark Cavendish đã té khá nặng nhưng đã có thể tiếp tục thi đấu.
Khi được hỗ trợ trở lại với nhóm cuối, anh đã 3 lần bám xe ôtô của nhân viên y tế nên bị trọng tài phạt. Nguồn tin từ đội Quick-Step Alpha Vinyl cho biết Mark Cavendish chỉ muốn nhờ bác sĩ vừa chạy vừa chăm sóc vết thương nhưng trọng tài đã không chấp nhận giải thích này. Án phạt này khiến Mark Cavendish (chỉ còn 23 điểm) mất áo xanh lá cây vào tay Jan Hirt (32 điểm).
Trở lại với chặng thi đấu thứ 6 dài 132,5km từ Al Mouj Muscat đến Matrah Corniche, các tay đua đã thi đấu rất hấp dẫn. Sau khi xuất phát, nhóm tay đua đã thoát đi gồm: Johan Meens (Bingoal Pauwels Sauces WB), Antonio Angulo (Euskaltel-Euskadi), Victor Langellotti (Burgos-BH), Mohamed Al-Wahibi (Oman National Selection), Martin Lopez và Alexandre Vinokurov (Astana Qazaqstan Development).
Đội BikeExchange-Jayco và UAE Emirates giữ tầm nhóm sau khoảng 2 phút để rồi nhóm đi đầu đuối dần qua hai ngọn đèo nhỏ liên tục. Sau đó, Quick-Step Alpha Vinyl lên kéo đoàn đua nhập lại thành một khi còn cách đích khoảng 30km.
Tầm 12km cuối, Quick-Step Alpha Vinyl dốc hết sức tấn công liên tục để tìm kiếm cơ hội cho Fausto Masnada (tranh áo đỏ) hoặc Mark Cavendish (tranh áo xanh lá cây) thoát đi nhưng đều không thành công. Ngoài ra còn có nhiều đợt tấn công nhỏ lẻ cũng nổ ra với hi vọng “đào tẩu” nhưng đều bị các đội đua sở hữu những chân rút mạnh giữ lại.
Ở đợt nước rút về đích, Fernando Gaviria (UAE Emirates) là người có guồng chân mạnh nhất để vượt qua Kaden Groves (BikeExchange-Jayco) và Amaury Capiot (Arkéa-Samsic),… giành chiến thắng với thời gian 4 giờ 10 phút 16 giây. Cú rút ấn tượng này giúp Fernando Gaviria giành luôn áo xanh lá cây chung cuộc từ tay Jan Hirt (32 điểm) với 37 điểm.
An toàn có mặt trong nhóm đầu về đích, Jan Hirt đã đoạt áo đỏ chung cuộc với tổng thành tích 22 giờ 35 phút 43 giây, hơn đúng 1 phút so với người thứ hai Fausto Masnada (Quick-Step Alpha Vinyl).