Tại bảng A, kết thúc 2 trận đấu cuối cùng tại vòng bảng, cả hai trận đấu giữa U13 Becamex Bình Dương gặp U13 SLNA và U13 Bình Dương đối đầu U13 PVF đều kết thúc với tỷ số hoà 0-0. Kết quả này giúp cho SLNA giành ngôi nhất bảng với 7 điểm, U13 PVF nhì bảng với 4 điểm có được.
Ở bảng B, với chiến thắng 2-0 trước VES Bà Rịa - Vũng Tàu, U13 SHB Đà Nẵng kết thúc vòng bảng với 7 điểm. Trong khi đó, Haduwaco Hải Dương giành ngôi nhì bảng với 4 điểm sau chiến thắng 3-0 trước U13 Huế.
Tại bảng C, U13 Nam Định tạo nên cú lội ngược dòng ấn tượng, giành chiến thắng 2-1 trước Hà Tĩnh, qua đó giành ngôi nhất bảng với 7 điểm. Ngôi nhì bảng thuộc về Hà Tĩnh với 6 điểm có được sau 2 chiến thắng trước đó. Đáng tiếc cho U13 Quảng Nam khi có chiến thắng cách biệt 8-0 trước Navy Phú Nhuận (TPHCM) lượt cuối, nhưng chỉ có được 4 điểm, đành ngậm ngùi ra về sau vòng bảng.
Ở bảng D, U13 LP Bank HAGL giành ngôi nhất bảng với 7 điểm sau chiến thắng 2-1 trước U13 Hà Nội. Trong khi đó, U13 TPHCM giành ngôi nhì bảng với 5 điểm sau chiến thắng sát nút 1-0 trước U13 Phú Thọ.
Như vậy với kết quả này, 4 trận Tứ kết của giải sẽ lần lượt diễn ra giữa, Tứ kết 1 là cuộc chạm trán giữa U13 SLNA đối đầu U13 Hà Tĩnh. Tứ kết 2, U13 SHB Đà Nẵng đối đầu U13 TPHCM. Trận Tứ kết 3 là cuộc thư hùng giữa U13 Nam Định – U13 PVF và trận Tứ kết 4 diễn ra giữa U13 LP Bank HAGL gặp U13 Haduwaco Hải Dương.
