Trước đó, trên tinh thần hỗ trợ và tạo điều kiện thuận lợi cho các đội tham dự, đồng thời nhằm đảm bảo công tác tổ chức cho giải hạng Nhì quốc gia 2019 diễn ra theo đúng kế hoạch, LĐBĐ Việt Nam đã có các cuộc trao đổi, làm việc với lãnh đạo địa phương và lãnh đạo CLB Bến Tre về khả năng tham dự giải của đội cũng như phối hợp tìm hướng tháo gỡ các vấn đề khó khăn, vướng mắc để CLB Bến Tre có điều kiện tham gia thi đấu.
Tuy vậy, cho đến thời điểm giải đấu chuẩn bị khởi tranh, CLB Bến Tre vẫn chưa thể hoàn thiện được đầy đủ các điều kiện cần thiết nên sẽ không được tham dự giải hạng Nhì 2019.
Vào chiều 8-5 LĐBĐ Bến Tre gửi văn bản chính thức đến LĐBĐ Việt Nam để xác nhận các vấn đề tồn đọng chưa kịp tháo gỡ và xin đăng ký cho CLB Bến Tre xuống tham dự giải hạng Ba mùa bóng 2019. Đây có thể xem là điều rất đáng tiếc đối với CLB Bến Tre cũng nhưng đông đảo người hâm mộ bóng đá xứ dừa.
Giải hạng Nhì quốc gia 2019 được chốt lại với sự tham dự của 13 đội và được chia thành hai bảng theo khu vực địa lý. Bảng A gồm Công an Nhân dân, Trẻ Hà Nội, Nam Định, Trẻ Đà Nẵng, Kon Tum, Lâm Đồng và Khánh Hòa. Bảng B có Bình Thuận, Gia Định, Bà Rịa - Vũng Tàu, Long An, Tiền Giang, và Vĩnh Long. Lịch thi đấu tại Bảng B vẫn giữ nguyên như đã ban hành và chỉ không có các trận đấu có sự tham dự của CLB Bến Tre.
Các đội sẽ đá vòng tròn theo thể thức lượt đi và lượt về (sân khách và sân nhà) để tính điểm, xếp hạng. Hai đội có thứ hạng cao nhất tại mỗi bảng sẽ tham dự VCK. Một đội có điểm, chỉ số phụ thấp nhất trong hai bảng sẽ phải xuống hạng.